La Administración Pública Federal, se fundamenta en los principios de honestidad, participación, celeridad, eficiencia, transparencia, rendición de cuentas y responsabilidad en el ejercicio de la función pública; con sometimiento pleno a la ley y al derecho; asimismo, basando su actuar en la realización de actividades de gestión sobre los bienes del Estado para suministrarlos de forma inmediata y permanente, a la satisfacción de las necesidades públicas. En lo particular, la Dirección General de Administración de la PROFEPA, asegurará el cumplimiento de los objetivos y metas institucionales a través de la administración y control interno de los recursos humanos, financieros, materiales, servicios generales, normativos, tecnológicos e informáticos que requieran las unidades administrativas de la misma. Proponiendo a la vez los sistemas, métodos y procedimientos que coadyuven a la modernización de los procesos administrativos y a la calidad en la prestación de los servicios del personal, con el único objetivo de preservar el bien general de la nación encaminado a la conservación del medio ambiente. Su fundamento legal lo encontramos en el artículo 119 fracción XVIII y 135 del Reglamento Interno de la Secretaria de Medio Ambiente y Recursos Naturales.

La PROFEPA se encuentra integrada por cuatro subprocuradurías: Auditoría Ambiental, Jurídica, Recursos Naturales e Inspección Industrial.