Es el área de la PROFEPA encargada de vigilar que las empresas cumplan con las leyes, reglamentos y normas ambientales, que se aplican a establecimientos industriales, de servicio y comerciales, y que dentro de las actividades pueden generar emisiones a la atmosfera (gases, particulas, etc), generan o dan servicio en materia de Residuos Peligrosos (industriales, biológico infecciosos; con Actividades Altamente Riesgosas y que generen un Impacto Ambiental

La Subprocuraduría de Recursos Naturales, tiene como propósito proteger los recursos naturales de nuestro país a través del cabal cumplimiento de la ley ambiental. A fin de coadyuvar a la conservación de los recursos naturales, en el 2011, al mes de octubre la Subprocuraduría de Recursos Naturales, ha realizado 18,822 acciones de inspección y vigilancia, de las cuales 10,205 corresponden a inspecciones y 8,617 acciones de vigilancia. Lo anterior con la finalidad de coadyuvar a la conservación de los recursos naturales.