Es el área de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente que se encarga de vigilar el cumplimiento ambiental de las fuentes de contaminación de jurisdicción federal mediante acciones de inspección y verificación, así como del cumplimiento de las restricciones ambientales no arancelarias en la importación y exportación de productos regulados.

La Subprocuraduría de Recursos Naturales, tiene como propósito proteger los recursos naturales de nuestro país a través del cabal cumplimiento de la ley ambiental. A fin de coadyuvar a la conservación de los recursos naturales, en el 2013 al mes de abril la Subprocuraduría de Recursos Naturales, ha realizado 3,038 inspecciones y 2,444 acciones de vigilancia.