La vaquita marina es la especie que se encuentra en mayor peligro de extinción de todas las marsopas, delfines o ballenas en el mundo. Su número puede disminuir por su captura incidental en los equipos de pesca artesanal.

La PROFEPA realiza actos de inspección y vigilancia en materia de áreas naturales protegidas marinas y litorales, quelonios y mamíferos marinos, especies acuáticas en riesgo (en peligro de extinción, amenazadas, sujetas a protección especial).

La PROFEPA realiza actos de inspección y vigilancia en materia de protección a sitios de anidación de tortugas marinas en costas mexicanas.

Con base en sus atribuciones para atender las responsabilidades relacionadas con las contingencias en recursos marinos, la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA), a través de sus Delegaciones Costeras, desarrolla el Programa de Atención a Contingencias en Recursos Marinos 2007-2012, incorporando y coordinando a los sectores público, privado y social involucrados en el tema.